В FOFCC в соответствии с функциями созданы четыре отдела: отдел управления сертификацией, отдел контроля качества, отдел управления человеческими ресурсами, административный отдел.
Отдел контроля качества отвечает за отслеживание и проверку качества органического производства и переработки сертифицируемых организаций; разработку, изменение и управление документами внутренней системы качества; управление техническими архивами; приём заявлений и жалоб и т.д.
Отдел управления сертификацией отвечает за разработку и выдачу заданий на сертификационные проверки, назначение сертификационных инспекторов для проведения проверок на месте, отбор необходимых образцов; после повторной проверки отчётов о сертификационной проверке и соответствующих информационных материалов представляет их в технический комитет. Производственным и перерабатывающим организациям и продукции, соответствующим стандартам сертификации, в соответствии с процедурами управления выдаёт сертификаты соответствия, сертификаты на продажу или защищённые от подделки прослеживаемые органические этикетки (органические коды).
Отдел управления человеческими ресурсами отвечает за управление человеческими ресурсами; повседневное управление сайтом FOFCC; публичное раскрытие информации о сертификации; обмен информацией внутри страны и за рубежом; внутреннее техническое обучение; проведение совместных исследований.
Административный отдел отвечает за приём заявок на органическую сертификацию; управление кадровыми архивами и документами; финансовое управление; материально-техническое обеспечение.
В FOFCC также создан Управляющий комитет для обеспечения нормативности и беспристрастности сертификации. Члены Управляющего комитета состоят из сельскохозяйственных экспертов, экспертов по охране окружающей среды, представителей надзорных органов, представителей потребителей, а также представителей предприятий, получивших сертификацию FOFCC; ни одна из сторон не занимает доминирующего положения, они не участвуют в конкретных делах компании, а лишь осуществляют контроль за важными решениями. Его цель — обеспечение нормативности, беспристрастности и справедливости сертификационной деятельности FOFCC. Основные обязанности следующие:
（1）Надзор за выполнением и реализацией FOFCC политики и нормативных актов Государственной комиссии по сертификации и аккредитации КНР в области управления сертификацией органических продуктов питания.
（2）Сбор отзывов от различных слоёв общества о работе FOFCC по сертификации органической продукции, внесение предложений и мер по исправлению и улучшению сертификационной работы FOFCC.
（3）Надзор за тем, осуществляется ли FOFCC сертификационная деятельность нормативно, беспристрастно, справедливо и независимо.
（4）Право пресекать “нарушения” со стороны FOFCC и его сотрудников и сообщать о них в Государственную комиссию по сертификации и аккредитации КНР.